Problematiku postavenia menšín v Česko-Slovensku, ako aj praktické uplatňovanie ich ústavných práv ovplyvňovala medzinárodná situácia. Výrazný vplyv získavalo Nemecko, najmä po nástupe Hitlera k moci v roku 1933. Aktivita nemeckej menšiny sa začína prejavovať nielen v českých Sudetoch, ale aj na Slovensku. Vzniká Karpatonemecká strana.[1] Tento vývoj však aktivizoval aj maďarskú menšinu. V roku 1936 dochádza k zjednoteniu maďarských menšinových strán do Zjednotenej maďarskej strany.[2] Vývoj vyústil v marci 1938 do vytvorenia bloku menšinových strán.[3]   V roku tiež 1938 vrcholia slovenské autonomistické požiadavky. Po Mníchove prijíma Národné zhromaždenie ČSR v novembri Ústavný zákon 299/1938 o autonómii Slovenska.[4] Je ustanovená Slovenská krajinská vláda, ako úradný a vyučovací jazyk je stanovený jazyk slovenský, resp. pre občanov českej národnosti jazyk český. Menšinové práva sú nedotknuté.

V marci 1939 bol Slovenským snemom schválený Ústavný zákon 185/1939 - Ústava Slovenskej republiky.[5] Tá deklaruje štátnu moc slovenského národa prostredníctvom HSĽS, pričom národnostná skupina môže mať zastúpenie v sneme cez svoju stranu. Občania sú rozdelení do 6 stavov. Hlava VIII, uvádza, že "treba mať náležitý ohľad na záumy inonárodných skupín"[6], deklarovaná je rovnosť občanov (aj národností), voľba národnosti, trestnosť protinárodnostnej činnosti, možnosť kultúrnej a politickej činnosti a styku s materským národom a možnosť používania jazyka menšín v školách a v živote § 95 však požaduje reciprocitu: "Práva národnostných menšín, uvedené v ústave, platia natoľko, nakoľko také isté práva v skutočnosti používa i slovenská menšina na území materského štátu príslušnej národnostnej skupiny"[7].

Podľa sčítania obyvateľov v roku 1940 mala Slovenská republika spolu 2.653.053 obyvateľov. Z nich bolo 85% slovenskej národnosti, 80.000 Čechov, 130.000 Nemcov, 79.000 Ukrajincov, 67.000 Maďarov, 89.000 Židov, 30.000 Rómov.[8] Nemeckú menšinu zastupovala Deutsche Partei (60 000 členov), ktorá mala v sneme 3 poslancov, zástupcu v štátnej rade a zvláštny sekretariát. Maďarská strana na Slovensku mala v sneme 1 poslanca. Ukrajinci nemali stranu a zastupoval ich 1 poslanec.[9]

V septembri 1941 prijíma slovenská vláda nariadenie 198/1941 tzv. Židovský kódex [10]- "jeden z najkrutejších protižidovských zákonov v novodobých dejinách Európy"[11], proti ktorému protestoval aj Vatikán[12]. Na jeho základe v marci 1942 odchádza zo Slovenska prvý transport. Do októbra 1942 bolo deportovaných 57 628 židov, z ktorých sa po vojne vrátilo len 800. Za každého dostala vláda 500 ríšskych mariek - 5000 korún. Od septembra 1944 prebiehala druhá vlna deportácií. Bolo deportovaných okolo 14 000 židov.[13] Rasové zákony postihli aj ďalšiu skupinu obyvateľov - Rómov, ktorí boli zaradení do dvoch kategórií Cigánov - usadených i kočovných. Ale uplatňovanie týchto zákonov voči obom skupinám nebolo rovnaké. Obe komunity boli vnímané negatívne. Pokiaľ sa však Rómovia mohli prihlásiť k hocijakej národnosti, Židia povinne podľa konfesie - len k Židom. Protižidovské opatrenia boli prijímané celoštátne, protirómske regionálne, proti Židom ich realizovali Pohotovostné oddiely Hlinkovej gardy, proti Rómom žandári. Židia boli vylučovaní z práce, Rómovia boli trestaní za vyhýbanie sa práci. Slovenský štát mal v plánoch aj vytvorenie koncentračných táborov pre Rómov, ale sa neuskutočnili.[14]

Osobitnú kapitolu v riešení postavenia národnostných menšín majú tzv. Benešove dekréty.[15] (Pozri tabuľku Benešove dekréty).

Prvým dekrétom č. 1/1940[16] z roku 1940 bola zriadená Štátna rada ako poradný orgán prezidenta. Dekrét č. 2/1940[17] ustanovoval práva prezidenta vydávať dekréty. Jednou zo zásadných otázok, ktoré musel riešiť Beneš i vláda, bol problém menšín, najmä nemeckej a maďarskej. Už v roku 1943 presadzuje Beneš tézu o kolektívnej vine rovnako u Nemcov ako aj Maďarov.[18] Memorandum československého ministerstva zahraničných vecí z 23.11 1944 navrhuje riešenie otázky Nemcov a Maďarov ako nepriateľov výmenou obyvateľstva.[19] Odmietavý postoj voči takémuto riešeniu zaujali ako USA, taj ak Veľká Británia. ZSSR proti transferu nemal námietky.[20]Otázky výmeny obyvateľstva mali byť riešené so zámerom zrušenia štátneho občianstva, majetkovým postihom, odmietnutím kolektívnych menšinových práv. Voči takémuto riešeniu mali v roku 1945 námietky USA i Veľká Británia. Ani Manifest SNR zo 4.2.1945 nerátal s transferom - vysťahovať z Československa bolo treba iba exponentov, ktorí prišli na naše územie po roku 1938.[21] Košický vládny program v VII. kapitole tiež deklaroval kolektívnu zodpovednosť všetkých Maďarov, okrem antifašistov.[22]

Politika štátu v zmysle Košického vládneho programu voči nemeckej a maďarskej národnosti bola dvojaká. Dekrét č. 33/1945[23] stanovoval spôsob uznávania občianstva, občianstvo ČSR pred Mníchovom bolo potvrdené u antifašistov a odbojárov. U ostatných bude občianstvo zrušené, ale môžu znova optovať pre ČSR. Odsúdení mali byť zbavení občianstva a vypovedaní. Prisťahovaní po r. 1938 mali byť vykázaní ihneď.[24] Ďalšie dekréty hovorili o konfiškácii majetku Nemcov, Maďarov, ako aj zradcov a nepriateľov českého a slovenského národa[25], o neplatnosti niektorých majetkovoprávnych aktov z doby neslobody[26], o konfiškácii nepriateľského majetku[27], o zavedení národnej správy majetku osôb štátne nespoľahlivých[28] (osobami štátne nespoľahlivými boli všetky osoby nemeckej a maďarskej národnosti bez výnimky). Dekrét č. 28/1945[29] riešil osídlenie poľnohospodárskej pôdy Nemcov, Maďarov a iných nepriateľov štátu českými, slovenskými a inými slovanskými poľnohospodármi. Všetky dekréty boli dodatočne schválené Dočasným národným zhromaždeným.

Na Slovensku všetky dekréty neplatili, ale bolo prijaté Nariadenie SNR 5/1944 o poštátnení školstva a Nariadenie 6/1944 o úprave školstva nemeckej a maďarskej národnostnej menšiny a o boloslužobnej reči[30]. Dňom nadobudnutia účinnosti boli zrušené školy všetkých kategórií, zriadených do 6.10.1938 a zákaz výkonu bohoslužieb v nemčine a maďarčine. Odsun Maďarov v rokoch 1945-48 bol riešený 4 spôsobmi. Zo Slovenska museli odísť občania maďarskej národnosti:

1.Ktorí prišli na slovenské územie po Viedenskej arbitráži.

2.Čo kolaborovali s fašistami, a to podľa princípu kolektívnej viny.

3.Ktorí museli odísť do Čiech, do pohraničia (Sudety), ale to sa týkalo aj ostatných občanov. (Dekrét č. 28/1945)

4.Ktorí boli vymenení za maďarských Slovákov (repatrianti). [31]

27.2.1946 je podpísaná dohoda ČSR a Maďarska, ktorá rieši otázky menšín dobrovoľným návratom a výmenou. [32]V lete roku 1946 sa na parížskej konferencii riešil transfer 200 000 Maďarov[33]. Začala pracovná mobilizácia Maďarov do Čiech, ale týkala sa aj Slovákov. Preto ju nebolo možné považovať za deportácie. 10.2.1947 bolo v Paríži podpísané definitívne znenie mierovej zmluvy a uzavreté diplomatické styky medzi Československom a Maďarskom. Zmluva uznala nulitu viedenskej arbitráže z roku 1938 a obsahovala garanciu hraníc. V októbri 1948 boli zákonom priznané občianske práva aj Maďarom, ktoré nadobudlo platnosť 15.9.1947. 21.12.1948 sa uskutočnil posledný transport s Maďarmi.[34]

Smerom k rómskej menšine bola štátna politika od roku 1945 zameraná na koncepciu integrácie Rómov do spoločnosti, čo v praxi znamenalo sociálnu asimiláciu  prostredníctvom riadeného rozptylu, najmä do Čiech.[35]